เปิดตัวเมื่อปี 2006 ในตลาดยุโรป พร้อมเปลี่ยนชื่อจาก FZS1000 เป็น FZ1 ซึ่ง FZ1 นั้นยังได้ถูกแยกเป็นอีก 2 ประเภทด้วยกัน คือ(เวอชั่นแบบมีแฟริ่งครึ่งหน้า เรียกว่า FZ1 FAZER) และ (รุ่น naked เรียกว่า FZ1N) โดย Generation II นี้ ได้เปลี่ยนเครื่องยนต์, แชสซิส, ช่วงล่างและตัวบอดี้ใหม่ทั้งหมด เฟรมทำมาจากอะลูมิเนียมอัลลอยหล่อเป็นโครงรูปเพชรแบบกะทัดรัด (compact) ใช้เครื่องยนต์เป็นส่วนรับแรงและสวิงอาร์มแบบหล่อตัน และขุมพลังเครื่องยนต์นำมาจากYamaha YZF-R1 รุ่นปี 2004-2006 ที่นำมาปรับแต่งเพื่อเพิ่มแรงบิดในช่วงกลางของรอบเครื่องยนต์ เพิ่มน้ำหนักเพลาข้อเหวี่ยง40เปอร์เซ็นต์และปรับเพลาสมดุลตามการเปลี่ยนน้ำหนักของเพลาข้อเหวี่ยง. เพลาลูกเบี้ยวได้ถูกปรับให้เปิดปิดวาล์วในช่วงที่สั้นขึ้นและเวลาที่น้อยลงเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพเครื่องยนต์ที่รอบเครื่องยนต์ต่ำ. มีการปรับเกียร์โดยเพิ่มอัตราทดเกียร์ 5, 6 เพื่อเพิ่มความง่ายเวลาขับด้วยความเร็วแบบ cruising. ซึ่งผลของการปรับแต่งนั้นทำให้ รถควบคุมได้ง่ายและนุ่มนวนขึ้น แต่ต้องแลกมาด้วยค่าแรงม้าที่ต่ำกว่าเดิมของเครื่องยนต์ YZF- R1ซึ่งเดิมจะอยู่ที่ 172 แรงม้า แต่ลดลงมาเหลือ 147.51 แรงม้าเท่านั้น

ข้อมูลน่าสนใจ
เมื่อตอนเปิดตัวในปี 2006 นั้น ทางยามาฮ่าไม่ได้ผลิตรถรุ่นนี้สำหรับขายในประเทศญี่ปุ่น ต่อมาในปี 2008 - 2010 ทางยามาฮ่าได้ผลิตออกขายในตลาดญี่ปุ่น ซึงเป็นรุ่นพิเศษโดยใช้ชื่อว่า FZ1 Fazer GT โดยรถ spec ญี่ปุ่นนั้น ได้ถูกลดแรงม้าเหลือเพียง 94 แรงม้าเท่านั้น
สวิงอาร์มหลังเป็นแบบยาว (long rear arm) ถูกผลิตโดยใช้เทคโนโลยี CF die casting (controlled filling die casting). การวางตำแหน่งของเครื่องยนต์, ขนาดเครื่องยนต์ที่เล็กและสวิงอาร์มเป็นแบบยาว (629mm.) ถูกผลิตเพื่อลดแรงตึงในโซ่สำหรับลดผลกระทบที่มีต่อการขับเคลื่อนและการหมุนของล้อหลัง.

ระบบเบรกป้องกันล้อล็อก ABS

ระบบเบรกป้องกันล้อล็อก ABS จะมีเฉพาะรถ spec ยุโรปเท่านั้น สำหรับในอเมริกาและตลาดอื่นๆจะมีแต่รุ่นไม่มีระบบเบรก ABS. [ต้องการอ้างอิง]เนื่องจากเป็นความชื่นชอบของผู้ใช้ในตลาดอเมริกาว่าระบบ ABS ไม่มีความจำเป็น.